3C,4C,5C以及HiC测序技术都有些什么不同?
3C技术最早是2002年Deker提出来的,目的是捕获染色体的interaction,基本假设是,染色体中的interaction是以蛋白为介导的。那么通过限制酶酶切,补平,连接,打断,PCR后,如果染色体A,B两点就相互作用,根据这两点特意序列的引物就能PCR出产物,也就验证了是有interaction的。但是可惜,每1对位点的验证就需要设计1对特异性引物,很麻烦。
总结起来,就是3C,可以验证1个点与1个点的相互作用,每1对相互作用需要1对引物。4C 因为3C过于麻烦,所以后来人们设计了双酶切位点,然后通过成环的形式,保证了只需要设计1对引物,就可以检测1个位点对多个位点的相互作用,这就是4C,这个多出来的C是circle的意思。 总结起来,4C技术,可以验证1个点与多个点的相互作用,因为根据这1个点设计,关键步骤是成环。5C技术是在4C的技术上,加了个tag标签,导致可以检测many-to-many的相互作用。没啥说的。 Hi-C的基本步骤是,甲醛交联,限制酶切,末端补平加biotin,平末端连接,超声破碎,biotin富集,建库测序。整个过程是没有特异性引物存在的。而且依靠高通量的测序技术,Hi-C可以展现出,整个染色体all-to-all的互作关系。 总结起来,Hi-C,获得all-to-all的互作关系。 ChIA-PET 如果关心Hi-C技术,就一定会关注到ChIA-PET技术,这个技术是用特异性抗体富集interaction信息。比如CTCF,比如pol II的抗体,然后类似的步骤,建库测序。ChIA-PET的数据应该是Hi-C数据的一个子集。Capture-C,DNase-C等等,都是一些Hi-C的衍生技术。
3c就是一种地图的名称,只操作英雄的对抗性地图,具体见下。双方各控制一个英雄互相攻打,有3条路通往对方(3C的由来,Corridor的缩写,走廊的意思),谁先打掉对方主城谁赢。可以买英雄。打兵赚钱。
不过现在像LT3c其实已经脱离3c原本的意义,或者说是3c的发展。
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