请问16srRNA在生物体中的功能是什么
一句话:16S rRNA序列在进化上是保守的,通常用来鉴定细菌等原核生物,并可进行进化分析。
详细的:16s rRNA广泛存在于原核生物的细胞中,其分子长度约为1.5kb左右。 相比其他分子,16S rRNA既保证了较大的信息量(如5S rRNA太短, 包含信息量太少)又便于扩增和测序(23S rRNA较长,测序时比较麻烦)。事实上这三种编码原核生物核糖体RNA的rRNA基因序列在进化上都是保守的,都可以拿来进行进化分析,但基于上述原因一般都用16S rRNA序列。
鉴定细菌到种一般都采用16S rRNA和传统生化指标相结合的方法
附1:
首先如果你的菌株是自然界中分离得到,就只能鉴定到种,不能鉴定到株,因为多多少少和其他株系的细菌有区别,即便你做了一些特征的鉴定,发现和某一株细菌一模一样,你也没有理由说你的细菌就是那一株细菌,因为你不可能把所有的特征都做完,株和株之间的关系就相当于不同的人之间的关系,世界上不可能有完全相同的两个人。除非你知道你的细菌本来就是某一株细菌扩增出来的(而且要保证没有变异,否则就是一个新株),可是这样就没必要鉴定了。
菌种鉴定一般就只要提取基因组DNA,然后PCR扩增16srDNA片段,上GeneBank或者Eztaxon对比即可。
一般序列相似度在97%以上(也有说法是98%,甚至更高)就可以认为是同种细菌(当然也有例外,DNA序列仅仅是一个参考指标)。
附2:16S rRNA鉴定一般步骤:
一、提取其DNA,利用16SrRNA通用引物PCR扩增出其16SrRNA,取出一半进行跑胶测试纯度与大小,一般是1500bp左右,以下称之为目的基因
二、如果第一步得到的目的基因理想,就将目的基因连接到T载体上,T载体有很多种,随便哪种都可以,如果一种连接不上就换另一种,应该注意记得所用T载体的分子量大小,一般3000bp左右
三、连接后将整个连接体导入大肠杆菌细胞感受态细胞(很多实验书上都有具体步骤)
四、培养感受态细胞16或18小时,提取其质粒,然后将质粒拿出一部分跑胶,看提取情况并看一下分子量是否为16SrRNA和T载体的分子量之和,如果是,则成功
五、酶切所提取的质粒,以得到目的基因,跑胶,如果有目的基因大小的明亮条带则说明是16SrRNA,拿去测序就可以了