我扩增的这段片段能否提交到NCBI GENEBANK?
是不是你得到了1kb的片段,而报道的是3.5kb?
你这个片段扩增的模版是自己构建的文库么?有没有可能你文库的构建导致了cDNA的序列得到不完整?建议用5' 3'RACE将完整的序列得到后,再与genebank进行比对。如果1kb是就是完整的话,建议blast寻找同源序列,并且搞清楚这个基因的来龙去脉,然后才可以提交到genebank.
blue bulletSubmissions to GenBank
Many journals require submission of sequence information to a database prior to publication so that an accession number may appear in the paper. The WWW-based submission tool, called BankIt, for convenient and quick submission of sequence data. Sequin, NCBI's stand-alone submission software for MAC, PC, and UNIX platforms, is available by FTP. When using Sequin, the output files for direct submission should be sent to GenBank by electronic mail.
There are specialized, streamlined procedures for batch submissions of sequences, such as EST, STS, and GSS sequences.
你检测到的突变有意义,在野生型中有普遍性,说明了问题,能够发paper了,才可以去递交。否则就是一个突变点没有任何意义,况且看你的描述,你都不确定是不是PCR引起的突变,或者模版引起的突变。单纯的点突变即时存在,没有任何意义,也是不能递交的
NCBI是生物学科经常使用的搜索引擎,其收纳了大量的基因和蛋白序列,可以对这些序列进行比对、设计引物等,功能非常强大,下面是小编经常使用的一个功能,即基因序列信息的查找和下载。
打开NCBI
百度搜索键入“NCBI”,点击“搜索”,第一个就是官方主页,点击打开。
关键字查找
以H9亚型流感病毒HA基因下载为例,说明详细过程。
既然要下载基因序列,需要在栏目内找到“Nucleotide”(核苷酸),搜索栏内填入“Avian influenza virus H9 HA”,点击“search”。
添加限定词
点击搜索后,我们看到页面中间显示了很多关于“Avian influenza virus H9 HA”的基因序列,如果其中的一个符合你的要求,就可以下载。如何不符合你的要求,可以继续在搜索条内添加限定,比如添加“2010”,即2010年分离到的病毒。
序列选定
找到目标基因序列后,我们要将其下载下来。以给出第一个序列为例,点击序列前面的“小方格”,将其选定。
下载序列
选定后,点击页面右上角的“Send to”,选择“file”,再将format选择为“FASTA”格式,点击“Create file”,将序列下载到自定的文件夹内。
用DNAStar打开
下载的序列为FASTA格式,需要使用相关的软件打开,小编经常使用的是DNAStar中的Editseq,这个功能还是很强大的。
鹏仔微信 15129739599 鹏仔QQ344225443 鹏仔前端 pjxi.com 共享博客 sharedbk.com
图片声明:本站部分配图来自网络。本站只作为美观性配图使用,无任何非法侵犯第三方意图,一切解释权归图片著作权方,本站不承担任何责任。如有恶意碰瓷者,必当奉陪到底严惩不贷!