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分子动力学能量和结构优化能量的区别

梵高1年前 (2023-12-02)阅读数 10#综合百科
文章标签分子动力学

分子动力学能量和结构优化能量的区别

体系的中原子类型和位置一旦确定,体系的总势能也确定,因此通过移动体系的原子的位置,体系就在体系的势能面上运动。那无论是分子动力学还是结构优化都是如此。在分子动力学模拟时,体系达到平衡就是体系在势能面最低点附近振动。结构优化也是找这个最低点,

同一台计算机在不同的系统中跑分子动力学模拟速度差别很大吗

一个装有分子的容器在以一米每秒运动,那么分子参与了两种运动,一是热运动(就是在容器中无规则运动),另一个是一米每秒运动。一米每秒运动的能为分子的动能,而在容器中无规则运动的能为热运动动能。

是。分子动力学模拟两个可以运行MD模拟的程序在sander.MPI计算速度稍慢,可以处理温度变化,约束,优化后的PMEMD.MPI计算速度稍快。分子动力学是一门结合物理,数学和化学的综合技术。

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